Vì vi khuẩn gây bệnh mắt hột rất dễ lây từ nước tiết ra ở mũi, họng, mắt sang thẳng người khác hay qua đồ dùng như khăn mặt v.v... tăng cường giữ gìn vệ sinh là cách ngăn ngừa tốt nhất.

• Vệ sinh cá nhân: giữ vệ sinh mặt và đôi mắt, rửa mặt bằng nước sạch, không dùng chung khăn với người mắc bệnh, không để tay bẩn chạm vào mắt, tránh để ruồi nhặng chạm vào mắt.
• Tạo nguồn cung cấp nước sạch: đào khoan giếng, làm bể lọc nước sông, chứa nước mưa.
• Xây hố xí hợp vệ sinh, xây chuồng gia súc xa nhà (ít nhất 10m).
• Vệ sinh đường phố, diệt ruồi, chôn đốt rác thải.
• Điều trị tích cực cho những người bị bệnh mắt hột và gia đình. Nếu có biến chứng quặm phải đi mổ quặm ngay.
• Vệ sinh nhà cửa sạch sẽ.[3]